학술위원회는 대한내분비학회의 창립 초기부터 설립되어 학술대회 개최를 통하여 학회회원들의 연구 및 교육 등에 대한 교류, 학회 회원간의 친목 도모, 그리고 ‘내분비증례집’ 및 ‘내분비학교과서’ 발간 등의 학술 관련 업무를 담당하고 있다.
학술대회는 매년 춘계 및 추계에 각각 1차례씩 개최되고 있으며, 특히 2013년도부터는 춘계에는 SICEM (Seoul International Congress of Endocrinology and Metabolism)으로 명칭을 바꾸어서 국제학술대회로 개최하기 시작하였고, 추계에는 기존대로 ‘학연산 및 추계심포지엄’ 형식으로 학술대회를 개최하고 있다. SICEM은 Plenary Lecture, Main Symposium, Satellite Symposium, Clinical Update, Endocrine Research, Meet the Expert 세션을 비롯하여 구연 및 포스터 발표 등의 내용으로 구성되어 있다. 추계 학술대회는 신경내분비연구회 심포지엄 및 학연산 심포지엄이 함께 구성되며, 남곡학술상 및 국외학술상의 시상 및 발표가 진행된다. 학회 회원들의 국제학회 참여 증가와 국제학회와의 교류 증가 등을 반영하여 2009년부터 영어구연 발표를 도입하여 진행하고 있으며, 대한내분비학회 학술대회의 위상을 높이고 해외의 내분비학 연구자들과의 교류 및 친목을 증진하기 위한 노력의 일환으로 APDO (Asian-Pacific Diabetes and Obesity Study Group) 및 미국 Endocrinology Society 등과 연계하여 학술대회를 개최하기도 하였다. 또한 아시아권 국가와의 국제 협력 관계를 도모하기 위해서 다양한 국가들과의 joint symposium을 준비하고 있다.
학술집담회는 내분비대사 분야의 흥미로운 증례를 발표하고 학회 회원들과 논의하는 모임으로, 학회 창립 초기부터 활발하게 진행되었는데 서울 및 지방에서 번갈아 개최하여 서울과 지방의 교류 및 협력 증진의 역할을 담당 하였고, 토론된 증례를 중심으로 내분비증례집을 발간하게 되었다. 2011년부터는 학술집담회가 폐지되고 대신 내분비 마스터코스가 설립되어 학술대회가 열리지 않은 지역을 중심으로 활발하게 개최하고 있다.

대한내분비학회 회원들의 내분비대사 질환에 대한 기초 및 임상 연구, 교육 등에 대한 교류와 회원 간의 친목 증진 역할을 위하여 구성되었다.

학술위원회의 사업은 1) 춘계에 국제학술대회로 개최되는 SICEM 구성, 2) 추계학술대회에서 학연산심포지엄을 제외한 학술 부문의 구성, 3) 남곡학술상, 국외 학술상, 우수 연제상 선정에 대한 업무로 이루어진다.

학회 회원들의 국제적인 활동 및 국제학술대회 참여 증가, 해외 연구자들과의 교류 증진 및 친목 도모, 국제학회와의 교류를 통한 대한 내분비학회의 위상 제고를 바탕으로 대한내분비학회가 연구, 교육, 봉사 등 다방면에서 국제적으로 선두 그룹이 될 수 있을 것으로 기대한다.