학회 활동이 회원결성과 학술대회 개최가 주요 업무이던 초창기에는 의료 윤리의 필요성이 많지 않았다. 그러나 2000년도 이후 일부 임상연구의 비윤리적 수행과 논문 중복게재 등의 문제가 학술단체에서도 나타날 수 있는 윤리적 문제임은 물론, 학회에서도 문제가 될 수 있음이 지적되어 평의원회의 결의로 2005년도부터 윤리위원회를 구성하여 활동하고 있다. 2005년도 초대 윤리이사로 경북의대 김보완 교수, 간사에 을지의대 민경완 교수가 선임되어 활동을 시작하여 지금에 이르게 되었다.

  대한내분비학회 학회 활동과 회원의 윤리적인 측면을 검토하고 관리하는 위원회로, 윤리규정 채택 뿐 아니라, 윤리교육, 징계와 포상에 대한 심의 및 조사 등 학회에서의 윤리적인 면을 관리하는 것을 업무로 하고 있다. 의사의 윤리에 대해서는 의사의 직업의식과 소명을 나타내고 있는 히포크라테스 선서에 기본적으로 언급되고 있으며 의사의 개인적 진료 활동뿐만 아니라 학술활동, 사회활동, 연구활동, 봉사활동 및 단체활동 등에 의료 윤리적 판단과 가치관의 기준이 필요해짐에 따라 여러 단체에서 윤리강령, 윤리선언, 윤리규정을 채택하고 하고 있다.

  2005년 윤리위원회 설립 당시, 학회에 필요한 기본 강령이나 지침 등은 상위 기관인 대한의사협회의 것을 따르기로 하였고 윤리위원회를 운영하는 윤리규정을 따로 제정하는 것을 논의하였으나 그 당시에는 필요성이 크지 않았다. 학회 활동에서도 윤리적 측면을 논의할 만한 사건이나 사안이 발생한 적이 없었던 관계로 실제적인 활동을 위한 규정의 필요성이 없었으며 이에 윤리위원을 추가로 위촉하지도 않았다. 2대 윤리위원장은 가톨릭의대 차봉연 교수, 간사는 이정민 교수가 맡았는데, 이 시기 역시 윤리위원회를 소집할 안건이 발생하지 않았었다. 3대 위원장에는 울산의대 송영기 교수가 역임하였고 간사에는 김원배 교수가 활동하였으며 위원으로는 성균관의대 김선욱 및 중앙의대 김재택 교수가 활동하였는데 윤리위원회를 따로 소집하여 의결한 적은 없지만, 논문 중복게재 금지에 관한 세부규칙을 제정하는 것에 간행위원회와 협의를 하였다. 최근 ‘부정청탁 및 금품 등 수수의 금지에 관한 법률’이 제정 및 시행됨으로써 사회전반뿐 아니라 의료계에 미치는 영향 또한 적지 않음에 따라 더욱 강화된 윤리적 규정 및 자문의 역할이 필요하게 되어 내분비 윤리규정을 새로이 마련하고자 하였다.

  향후 현대 의료가 점차 복잡해지면서 다양한 측면에서 의료윤리가 점차 강조되고 있다. 또한 학회가 발전하고 성장함에 따라 학회의 자체 윤리규정이 필요하며, 회원의 윤리교육, 징계와 포상 등에 관한 심의 활동이나 제기된 문제의 개별사안에 대하여 조사위원회를 구성하고 윤리적인 면을 판정하는 활동에 대한 필요성이 더욱 높아질 것으로 예상된다.